La storia dell'Azienda Agricola Regionale di Alberese inizia nel paleolitico, come testimoniano i resti rinvenuti nella grotte della Fabbrica e dello Scoglietto.

Al I-II secolo d.C., appartengono invece i ruderi del Ponte del Diavolo, dove l'antica via Aurelia attraversava l'Ombrone, alcuni insediamenti nei pressi del paese e alcune statue recuperate lungo il canale di Piscina Statua.

Il nome di Alberese compare nell'XI secolo, quando venne fondata l'Abbazia Benedettina di Santa Maria Alborense, destinata a dominare la storia dell'intera zona per i cinquecento anni successivi. Con la crisi dell'ordine monastico, l'Abbazia decadde e la sua lunga storia si chiude con il passaggio ai Cavalieri.

Nel 1470 Beuccio Capacci, priore dell'ordine, fece costruire un palazzo fortificato, oggi la Villa Fattoria Granducale che domina il paese.

Alla fine del 1500 l'amministrazione passò alla famiglia dei Medici, fino all'avvento dei Corsini nel 1740.

A partire dal 1839 Leopoldo II di Lorena decise l'acquisto della tenuta ridotta, in quel periodo, in condizioni disperate. Fino allo scoppio della Prima Guerra mondiale i Lorena intrapresero imponenti opere di bonifica e di miglioramento delle attrezzature e dei sistemi di coltivazione.

Dall'inizio del conflitto, l'Azienda fu amministrata dal duca Pietro Lante della Rovere, fino al 1921, quando le proprietà dei Lorena, sudditi di un paese sconfitto, furono confiscate e passarono al demanio. Infine nel 1926 Alberese venne ceduta all'Opera Nazionale Combattenti che ne rimase proprietaria fino alla soppressione dell'associazione nel 1977 e la successiva acquisizione da parte della Regione Toscana nel 1979.